19世紀後半にハーバート・スペンサーは自然選択説を社会に適用して、最適者生存によって社会は理想的な状態へと発達していくという社会進化論を唱え、ヘッケルは国家間の競争により、社会が発達していくという社会進化論を唱えた。スペンサーは生物は下等から高等へと進歩していくというラマルクを高く評価していたと言われており、進化に目的や方向性はないと考えるダーウィニズムではないと思われる。その主張は優生学とも異なる。その例によくあげられるナチズムは進化論の原理原則とは対立しており、関連付けるのは不可能である。
以下のナチズムの主張は進化論とは全く相容れない。
人為的に他民族を絶滅し、固定化する→分化、多様性や変異の否定
優等人種であるアーリア人と劣等人種であるユダヤ人の生殖では前者の形質が後者に劣ってしまう→適者生存の否定
進化の原動力は意志→適応や順応などの否定
20世紀後半には、エドワード・オズボーン・ウィルソンがその著作『社会生物学』（1975）のなかで、進化論的社会生物学が将来、人間についての社会科学に大きな影響を及ぼすだろうという展望を述べて、大論争をひきおこした。その初期の批判のなかには、ウィルソンや社会生物学の主張をナチズムにむすびつけたものもみられたが、論争を通じて、そうした批判は誤解にもとづくものであることが次第にあきらかになった。この論争の経緯については、社会学者ウリカ・セーゲルストローレがその著作『真理の擁護者たち』（邦訳『社会生物学論争史』）のなかで詳細かつバランスよくまとめている。
「生物は進化する」というテーゼは現在では学会で科学的事実として受け入れられているが、社会的に受け入れられているとは限らず、特に宗教右派の反発は大きい（進化論裁判も参照）。アメリカ合衆国の南部などいくつかの州では、プロテスタントの一部に根強い聖書主義の立場から進化論が否定されている。ケンタッキー州には、進化論を否定する博物館Creation Museumが建てられている。
キリスト教根本主義者の創造論では、宇宙の始まりから現在までの過程についても聖書に誤りが無く、旧約聖書『創世記』の記述が文字通り正しという聖書無謬説をとり、生物種はそれぞれ独立に創られたとしている。
カトリック教会では1996年10月にローマ教皇ヨハネ・パウロ2世が、「進化論は仮説以上のもので、肉体の進化論は認めるが、人間の魂は神に創造されたもの」だと述べた。つまり、人間の精神活動の源泉たる魂の出現は、進化論的過程とは関係ないとする限定つきで、進化論をキリスト教と矛盾しないものと認めた。
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近年アメリカ合衆国のいくつかの州において、創造論が明確に学校教育に持ち込まれようとしている。1980年代には裁判で創造論の理科教育への持ち込みを禁ずる判決が出された。そのために、「神による創造を科学的に解明する」運動が創造科学として沸き上がった。しかし創造科学も創造論と同様に科学ではなく宗教であるという連邦裁判所の判決が下された。その後、創造科学運動は、宇宙や生命を設計し創造した存在を認めるインテリジェント・デザイン説（ID説）を公教育に取り入れようとする動きがある。インテリジェント・デザインでは、極めて精妙な生物の細胞や器官のしくみを例に挙げて、「複雑な細胞からなる生体組織が進化によってひとりでにできあがったとは考えられない。従って創造に際しては『高度な知性』によるデザインが必要であった」といった主張がなされている。また創造科学と同様に創造論に科学的根拠を持たせようと試みているが、運動の中心は「くさび戦術」と呼ばれるものである。これはインテリジェント・デザインの科学的妥当性を立証するのではなく、進化論の不十分な点、まだ説明できない生物の現象を強調する。ジョージ・W・ブッシュは「平等のために進化論のみならずインテリジェント・デザインも学校の理科の時間に教えるべきだ」と述べたが、翌日報道官が撤回した。2005年11月、カンザス州教育委員会は多数決の結果ID説の立場を採り、進化論を「問題の多い理論」として教える科学教育基準を採決した。この決定にあたり、ID説を支持する創造科学者たちを批判するために作られたパロディ「空飛ぶスパゲッティ・モンスター教団」が登場し、ネット世論を大いに沸かせた。インテリジェント・デザインはペンシルベニア州ドーバー学区における裁判で、宗教であり科学ではないと指摘された。
保守的なイスラム教でも進化論は否定される。イスラーム原理主義の方針をとるアラブ イスラーム学院のウェブサイトには進化論を否定する文章が掲載されている。実態は変態に近いと言えるポケットモンスターの進化もハラーム扱いを受け、カードを交換して収集するポケモンカードゲームの遊び方がイスラムで禁じられる賭博にあたるとされたことも併せて、保守的なイスラム諸国ではポケモンのゲームやグッズの販売制限が行われるに至った。詳しくはポケットモンスター#ポケットモンスターに関する様々な逆風の「イスラム諸国」の欄を参照。なお、イスラム系新宗教バハーイー教のアブドゥル・バハーも書簡の中で進化論を否定している。
このように宗教からの反対を受けてきた歴史のある進化論であるが、オカルトやニューエイジの分野では教義への取り込みが行われてきた。意識や霊性の進歩・向上を「進化」と呼称するのが代表的な例である。ルドルフ・シュタイナーやブラヴァツキー夫人のように、著書のなかで神秘学的な教義に基づいた人類進化の過程を記した人物もいる。
生物学者の中には敬虔な信仰を持つものもおり、その一部は生物の進化を神の創造の過程と見なしている。この中には遺伝学者テオドシウス・ドブジャンスキー、現代では分子生物学者フランシス・コリンズなどが挙げられる。また他の一部は理神論を信じ、生物の進化と信仰を両立させている。